No Fundamental II, que compreende do 6º ao 9º ano, os alunos aprofundam os conhecimentos disciplinares e interdisciplinares mais específicos, introduzidos no Fundamental I. A transição para uma rotina escolar mais desafiadora e independente, com um professor por matéria, é cuidadosamente trabalhada para que ocorra de maneira natural e produtiva. Os jovens ganham maior independência e assumem novas responsabilidades, aprimorando a capacidade de argumentar, discutir e investigar. Nessa fase, o Colégio enfatiza a produção de textos, o trabalho em grupo e a participação do aluno durante as aulas, o que auxilia o amadurecimento intelectual.